Detalhes da Oferta

Ementa: Discutir a aplicação das técnicas de biologia molecular nas pesquisas aplicadas à área da Micologia. Especificamente discutir e realizar práticas de extração de DNA, regiões alvo, PCR, eletroforese, sequenciamento Sanger, sequenciamento Illumina e filogenia com fungos.

Método das Atividades: As aulas, de 4 horas, serão divididas em 1 horas de discussão sobre os textos entregues previamente, 1 hora de avaliação por escrito e 2 horas de trabalho laboratorial. Esse último tópico é interessante e tem por objetivo que os discentes tenham contato com as metodologias laboratoriais durante a investigação de uma problemática real escolhida por eles.

Frequência: A frequência dos alunos é obrigatória a todas as aulas. Serão passíveis de justificativa apenas as ausências a 25% das atividades da disciplina. O aluno que ultrapassar esse limite de faltas justificadas estará automaticamente reprovado na disciplina.

Método de Avaliação: Serão realizadas diversas avaliações e a média final será determinada de acordo com a equação abaixo.
Média Final = seminário da aula *0,25 + média das avaliações escritas diárias *0,5 + seminário final (aulas práticas) *0,25

Comunicação: Aula expositiva, aulas práticas e seminários com uso de recursos audio-visuais como data-show
Cronograma:

Data Horário Conteúdo
01/10/24 8h30 Apresentação da “Disciplina” + Divisão dos seminários+ “Secret life of fungi”.
9h30 Avaliação escrita I (monitoramento)
10h30 Prática: Separação dos grupos de trabalho + Prática de isolamento de fungos de amostras ambientais.

8/10/24 8h30 Seminário de Aluno - “Fungal evolution diversity taxonomy and phylogeny of the fungi” + “Mantra”
9h30 Avaliação escrita II
10h30 Prática: Extração do DNA de fungos

10/10/24 8h30 Seminário de Aluno - “Utility of various molecular markers in fungal identification and phylogeny” + “Mantra”
9h30 Avaliação escrita III
10h30 Prática: Amplificação do DNA de fungos

15/10/24 8h30 Seminário de Aluno - “Selection and optimization of PCR-based methods for the detection of Histoplasma capsulatum var. capsulatum” + “Mantra”
9h30 Avaliação escrita IV
10h30 Prática: Eletroforese do DNA de fungos

17/10/24 8h30 Seminário de Aluno - “Cryptococcal meningitis in non-HIV patients in the State of Amazonas, Northern Brazil”.
9h30 Avaliação escrita V
10h30 Prática: Sequenciamento do DNA de fungos

22/10/24 8h30 Seminário de Aluno - “Best practices in metabarcoding of fungi: From experimental design to results”.
9h30 Avaliação escrita VI
10h30 Encerramento

29/10/24 8h30 Seminário das Práticas (sequenciamento e filogenia)
9h30 Avaliação escrita VII (monitoramento)
10h30 Encerramento

JUNQUEIRA L.C.U. ; CARNEIRO J. Biologia Celular e Molecular. 8ª. Edição. Editora Guanabara Koogan, Rio de Janeiro, 2005, 352p.
Naranjo-Ortiz, M.A. and Gabaldón, T. (2019), Fungal evolution: diversity, taxonomy and phylogeny of the Fungi. Biol Rev, 94: 2101-2137. https://doi.org/10.1111/brv.12550
Tekpinar AD, Kalmer A. Utility of various molecular markers in fungal identification and phylogeny. Nova Hedwigia. 2019;109(1-2):187-224.
De Lima Sampaio, Ivanete ; Lima Freire, Ana Karla ; Morishi Ogusko, Mauricio ; Ignez Salem, Júlia ; Souza, J.V.B. . Selection and optimization of PCR-based methods for the detection of Histoplasma capsulatum var. capsulatum. Revista Iberoamericana de Micología, v. 29, p. 34-39, 2012.
Pinheiro, S.B., Sousa, E.S., Cortez, A.C.A. et al. Cryptococcal meningitis in non-HIV patients in the State of Amazonas, Northern Brazil. Braz J Microbiol 52, 279–288 (2021). https://doi.org/10.1007/s42770-020-00383-1.
Gladieux P, De Bellis F, Hann-Soden C, Svedberg J, Johannesson H, Taylor JW. Neurospora from Natural Populations: Population Genomics Insights into the Life History of a Model Microbial Eukaryote. Methods Mol Biol. 2020;2090:313-336. doi: 10.1007/978-1-0716-0199-0_13. PMID: 31975173.
Tedersoo, L., Bahram, M., Zinger, L., Nilsson, R. H., Kennedy, P. G., Yang, T., Anslan, S., & Mikryukov, V. (2022). Best practices in metabarcoding of fungi: From experimental design to results. Molecular Ecology, 31, 2769–2795. https://doi.org/10.1111/mec.16460