Biodiversidade e Conservação

DisciplinaBiodiversidade Microbiana
Nº de créditos4
Carga Horária30 Teorica / 30 Prática
Gil Rodrigues, Raphael Sanzio Pimenta
Biodiversidade microbiana, evolução e taxonomia microbiana. Componentes intrínsecos para delimitação de espécies e aplicabilidade da delimitação de espécies microbianas baseados em caracteres morfológicos, fisiológicos e moleculares. Análise dos principais conceitos, métodos e estratégias de estudo em biodiversidade e biogeografia de microrganismos. Relação entre taxonomia, crise da biodiversidade e métodos de delimitação de espécies, em microrganismos. Diversidade microbiana em ecossistemas terrestres e aquáticos. Aspectos da ecologia microbiana: conceitos fundamentais em ecologia de microrganismos. Comunidades microbianas e biofilmes. Desenvolvimento de comunidades microbianas. Interação entre populações microbianas. Interações entre micro-organismos e fatores abióticos. Interações entre microrganismos com outros seres. Interações entre microflora em ambientes terrestres e aquáticos. Papel ecológico dos microrganismos: produção primária e decomposição. Modificação no ambiente de origem microbiana. Influência do meio ambiente na atividade microbiana. Avaliações da atividade e biomassa microbiana: Ecologia microbiana quantitativa.
-ATLAS, R. M. Principles of Microbiology. 2a ed., Boston, WCB/MacGrall-Hill, 1997, 1298p.
- ATLAS, R. M., BARTHA, R. Microbial Ecology: Fundamentals and Applications. 4a ed., Menlo Park, Benjamin/Cummings, 1998, 694p.
- BROCK, T. D., MADIGAN, M. T., MARTINKO, J. M., PARKER, J. Biology of Microrganisms. New Jersey, Prentice-Hall, Inc., 1994, 909p.
- KASSEN, R. & RAINEY. P. B. The ecology and genetics of microbial diversity. Annual Review of Microbiology, v. 58, p. 207-231, 2004.
- REISENFIELD, C. S., SCHOLSS, P. D., HANDELSMAN, J. Metagenomics: Genomics analysis of microbial comunities. Annual Review of Genetics, v. 38, p. 525-562, 2004.
- Boone, D.R. & Castenholz, R.W. 2001. Bergey´s Manual of Systematic Bacteriology 2nd ed., Volume One, Springer-Verlag, USA.
- Bisby F.A., J. Shimura, M. Ruggiero, J. Edwards, & C. Haeuser. 2002. Taxonomy, at the click of a mouse. Nature 418:367.
- Cohan, F. M. 2002. What are bacterial species? Annu Rev Microbiol 56:457-487.
- Coenye, T, D. Gevers, Y. V. de Peer, P. Vandamme, & J. Swings. 2005. Towards a prokaryotic genomic taxonomy. FEMS Microbiol Rev. 29:147-167.
- Colwell, R.R. 1970b. Polyphasic taxonomy of bacteria. In Culture Collections of Microorganisms, pp. 421-436. H. Iizuka & T. Hasegawa. (eds.) Tokyo, University of Tokyo Press.
-Curtis, T.P., W. T. Sloan, and J. W. Scannell. 2002. Estimating prokaryotic diversity and its limits. Proc Natl Acad Sci USA 99: 10494-10499.
-Gevers, D., F. M. Cohan, J. G. Lawrence, B. G. Spratt, T. Coenye, E. J. Feil, E. Stackebrandt, Y. Van de Peer, P. Vandamme, F. L. Thompson & J. Swings. Reevaluating prokaryotic species. Submitted to Nature Microbiology Reviews as an opinion paper.
-Godfray HC. 2002. Challenges for taxonomy. Nature 417:17-19.
-Goodfellow, M. 2000. Microbial systematics: background and uses. In: Applied Microbial Systematics Priest, F.G. & Goodfellow, M. (eds), Kluwer Academic Publishers, Dordrecht.
-Gupta, R.S. & E. Griffiths. 2002. Critical issues in bacterial phylogeny. Theor. Popul. Biol. 61:423-434.
-Hawksworth, D.L. (1996) Microbial collections as a tool in biodiversity and biosystematic research. In: Samson, R.A.; Stalpers, J.A.; van der Mei, D. et al. (eds.), Culture Collections to Improve the Quality of Life. Centraalbureau voor Schimmelcultures, Baarn (The Netherlands). p. 26-35.
-Hugenholtz, P.; Goebel, B.M. & Pace, N.R. (1998a). Impact of culture independent studies on the emerging phylogenetic view of bacterial diversity. Journal of Bacteriology 180: 4765-4774.
-Lan, R. & P. R. Reeves. 2000. Intraspecies variation in bacterial genomes: the need for a species genome concept. Trends Microbiol 8:396-401.
-Lan, R. & P. R. Reeves. 2001. When does a clone deserve a name? A perspective on bacterial species based on population genetics. Trends Microbiol 9:419-424.
-Lewinsohn, T.M & Prado, P.I. 2002. Biodiversidade brasileira: síntese do estado atual do conhecimento. Editora Contexto, São Paulo.
-Ludwig, W. & H. Klenk. 2001. Overview: a phylogenetic backbone and taxonomic framework for procaryotic systematics, pp. 49-65. In Bergey`s Manual of Systematics Bacteriology. Second Edition. Springer-Verlag. Berlin.
-Pace, N.R. (1996). New perspective on the natural microbial world: molecular microbial ecology. ASM News 62:463-470.
-Rappe, M. S. & Giovannoni, S. J. 2003. The uncultured microbial majority. Annu. Rev. Microbiol. 57:369-394.
-Stackebrandt, E., W. Frederiksen, G. M. Garrity, P. A. Grimont, P. Kampfer, M. C. Maiden, X. Nesme, R. Rossello-Mora, J. Swings, H. G. Truper, L. Vauterin, A. C. Ward & W. B. Whitman. 2002. Report of the ad hoc committee for the re-evaluation of the species definition in bacteriology. Int J Syst Evol Microbiol 52:1043-1047.
-Stevenson, B. S., S. A. Eichorst, J. T. Wertz, T. M. Schmidt & J. A. Breznak. 2004. New strategies for cultivation and detection of previously uncultured microbes. Appl. Envir. Microbiol. 70: 4748-4755.
-Wayne, L. G.; Brenner, D. J.; Colwell, R. R.; Grimont, P. A. D.; Kandler, O.; Krichevsky, M. I.; Moore, L. H.; Moore, W. E. C.; Murray, R. G. E., Stackebrandt, E., Starr, M. P. & Trüper, H. G. (1987). Report of the ad hoc committee on reconciliation of approaches to bacterial systematics. Int. J. Syst. Bacteriol. 37: 463-464.
-Woese C. R., G. E. Fox. 1977. Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: the primary kingdoms. Proc Natl Acad Sci U S A 74:5088-5090.
-Woese, C. R. 1987. Bacterial evolution. Microbiol Rev 51:221-271.
-Wolf, Y.I., Rogozin, I.B., Grishin, N.V. & Koonin, E.V. (2002). Genome trees and the tree of life. Trends Genet 18, 472-479.