Bionorte em Números

Citações	HRBEK, T.;HRBEK, TOMAS
Titulação	Pós-Doutorado
Área	CIENCIAS_BIOLOGICAS :: Genética

• Pós-Doutorado - Periodo: 2014 a 2015 - Brigham Young University
• Pós-Doutorado - Periodo: 1999 a 2002 - Universität Konstanz
• Pós-Doutorado - Periodo: 2002 a 2004 - Washington University School Of Medicine Saint Louis
• Doutorado - Periodo: 1993 a 1999 - Ecology Evolution And Population Biology
  Washington University Saint Louis
• Graduação - Periodo: 1988 a 1992 - Biochemistry
  Binghamton University

• Animal Conservation- / Periodo: 2005 a atual
• Behaviour (Leiden) (0005-7959)- / Periodo: 2003 a atual
• Biological Journal of the Linnean Society- / Periodo: 2001 a atual
• BMC Evolutionary Biology (Online)- / Periodo: 2008 a atual
• Conservation genetics- / Periodo: 2005 a atual
• Copeia- / Periodo: 2000 a atual
• Ecological applications (1051-0761)- / Periodo: 2006 a atual
• Environmental Biology of Fishes- / Periodo: 2010 a atual
• Evolution- / Periodo: 2000 a atual
• Frontiers in Ecology and Evolution- / Periodo: 2013 a atual
• Gene (Amsterdam) (0378-1119)- / Periodo: 2001 a atual
• Genetics and Molecular Biology- / Periodo: 2006 a atual
• Genetics and Molecular Biology- / Periodo: 2007 a 2007
• Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia- / Periodo: 2005 a atual
• Journal of Biogeography (Print)- / Periodo: 2009 a atual
• Journal of Fish Biology (0022-1112)- / Periodo: 2005 a atual
• Journal of Heredity- / Periodo: 2015 a atual
• Journal of Molecular Evolution (0022-2844)- / Periodo: 1999 a atual
• Journal of Zoological Systematics and Evolutionary Research (0947-5745)- / Periodo: 2005 a atual
• Journal of Zoology- / Periodo: 2007 a atual
• Marine Biology (Berlin)- / Periodo: 2009 a atual
• Marine Biology (Berlin) (0025-3162)- / Periodo: 1999 a atual
• Micron (Oxford) (0968-4328)- / Periodo: 2006 a atual
• Molecular Biology and Evolution (0737-4038)- / Periodo: 1999 a atual
• Molecular Ecology- / Periodo: 2007 a atual
• Molecular Phylogenetics and Evolution- / Periodo: 1998 a atual
• PEERJ- / Periodo: 2015 a atual
• Plos One- / Periodo: 2013 a atual
• Rede Rio Doce Mar- / Periodo: 2018 a atual
• State University Of New York At Stony Brook- / Periodo: 1990 a 1990
• State University Of New York At Stony Brook- / Periodo: 1989 a 1989
• Universidad de Puerto Rico Recinto de Rio Piedras- / Periodo: 2010 a 2010
• Universidad de Puerto Rico Recinto de Rio Piedras- / Periodo: 2005 a 2010
• Universidad de Puerto Rico Recinto de Rio Piedras- / Periodo: 2005 a 2009
• Universidade Federal do Amazonas- / Periodo: 2010 a atual
• Universidade Federal do Amazonas- / Periodo: 2004 a 2010
• Universität Konstanz- / Periodo: 1999 a 2002
• University of Arkansas- / Periodo: 1991 a 1991
• Washington University Saint Louis- / Periodo: 1993 a 1999
• Washington University School Of Medicine Saint Louis- / Periodo: 2002 a 2004
• ZooKeys- / Periodo: 2009 a atual
• Zoologica Scripta- / Periodo: 2007 a atual
• Zoology (Jena)- / Periodo: 2007 a atual
• Zootaxa (Auckland)- / Periodo: 2005 a atual

• Biodiversidade de Peixes da Amazônia
• Biogeography
• Conservation Genetics
• Criação do centro de estudos integrados da conservação e manejo de recursos aquáticos
• Evolutionary Biology
• Evolutionary Biology
• Evolutionary Biology
• Evolutionary Biology
• Filogeografia e genética das populações de peixes ornamentais e importancia económica
• Genomics
• Molecular Genetics
• Molecular Phylogenetics
• Morfología da Família Rivulidae
• Morphological Evolution
• Morphological Evolution
• Phylogenetics
• Phylogenetic systematics
• Population genetics
• Population Genetics
• Population Genetics
• Quantiative Expression
• Quantitative Genetics
• Quantitative Genetics
• Systematics and Taxonomy

• Caracterização taxonômica e funcional do microbioma bacteriano intestinal de sociedades ameríndias rurais e urbanizadas no Amazonas brasileiro: estudo metagenômico comparativo da estrutura composicional e sua relação com fontes de alimentação e prevalênci
  O objetivo desta pesquisa será caracterizar taxonomicamente o microbioma intestinal de sociedades ameríndias tradicionais com estilos de vida semiurbanizado dentro da Amazônia brasileira e estabelecer a sua relação com fontes de alimentação e presença de doenças intestinais, diabéticas ou cardiovasculares observadas. Espera-se que o estudo permita fornecer informações para a criação de políticas de saúde pública para as comunidades Yanomami da Amazônia Brasileira.
  Período: 2017 - atual / Situação: EM_ANDAMENTO / Natureza: PESQUISA
• Anfíbios da Amazônia Brasileira: taxonomia, distribuição e ecologia
  No presente projeto testaremos: 1) hipóteses sobre os processos ecológicos e históricos que determinam a ocorrência e distribuição de espécies de anuros em diferentes escalas espaciais; 2) hipóteses relacionadas com a origem e manutenção da diversidade amazônica (p. ex. rios como barreiras determinando diferentes composições de espécies entre margens opostas; detecção de novas espécies por meio de análises integradoras), e 3) se a diversidade genética em ambientes florestais varia relacionada à distância, enquanto que efeitos de isolamento são menos mensuráveis entre populações que ocupam a vegetação flutuante, mesmo entre grandes distâncias.
  Período: 2017 - atual / Situação: EM_ANDAMENTO / Natureza: PESQUISA
• Genômica comparada de peixes amazônicos frente a diferentes desafios ambientais
  O projeto Genômica comparativa de peixes amazônicos frente a diferentes desafios ambientais pretende utilizar a citogenética clássica e molecular, o sequenciamento de DNA e a expressão gênica de espécies de peixes amazônicos expostos a desafios ambientais naturais, ou seja, diferentes característica físicoquímicas de água, bem como ambientes antropizados urbanos. Atualmente o grupo Genética Animal-INPA é o único grupo já consolidado do estado a trabalhar com aspectos citogenéticos de peixes e, com o apoio do laboratório Laboratório Temático de Biologia Molecular (INPA-AM), Laboratório de Evolução e Genética Animal (LEGAL-UFAM), Laboratório de Genômica Integrativa (UNESP-Botucatu) e Laboratório de Biologia do Músculo Estriado (UNESP-Botucatu), inovadoramente visa efetuar o mapeamento físico cromossômico comparativo em espécies da região e verificar a expressão de genes em espécies submetidas a diferentes ambientes. Além disso, o projeto possibilitará a interiorização da proposta, com a inclusão dos dois grupos de pesquisa emergentes que trabalham com abordagens citogenômicas no interior da Amazônia brasileira, sendo eles Laboratório de Biologia do Centro de Estudos Superiores de Parintins (UEA-AM), Laboratório de Genética & Biodiversidade (UFPA - Campus de Santarém). Pretende-se usar espécies de peixes representativa de ambientes naturais e antropizados, para: a) estudar uma classe de DNA repetitivo chamada de elementos transponíveis; b) saber qual destes elementos transponíveis são encontrados no seu genoma; c) quais estão sendo expressos; d) como esses elementos podem conferir plasticidade e adaptabilidade às espécies frente as diferentes características físico-químicas dos rios amazônicos. Aplicação de técnicas modernas de análise dos elementos transponíveis, como seqüenciamento nucleotídico, análise da expressão gênica diferencial em tempo real e mapeamento físico cromossômico.
  Período: 2010 - atual / Situação: EM_ANDAMENTO / Natureza: PESQUISA
• Centro de Estudos Integrados da Biodiversidade Amazônica (CENBAM)
  O instituto tem por objetivo integrar as pesquisas biológicas na Amazônia em cadeias de produção científico/tecnológico eficientes. Atualmente, a biodiversidade amazônica não está sendo conservada ou aproveitada eficientemente por falta de conhecimento científico/tecnológico. As poucas pesquisas estão concentradas perto dos maiores centros populacionais, Belém e Manaus. Os centros regionais enfrentam um circulo vicioso em que a falta de recursos desestimula a fixação de pessoas qualificadas no interior, a falta de pessoal qualificado resulta em pouca produção científica, a falta de produção impede a captação de recursos, e a falta de recursos dificulta a capacitação de pessoas locais. O IBA atuará diretamente na capacitação de pessoas locais em diversos níveis, desde assistentes de campo e parataxonomistas até alunos de escolas, técnicos de laboratório e alunos de pós-graduação, além de viabilizar a adequação de infra-estrutura, como museus, herbários e coleções vivas, a instalação e recuperação de equipamentos e laboratórios, e o intercâmbio necessário para o aproveitamento dos recursos disponíveis. O planejamento e execução serão realizados em colaboração com os usuários das informações, como laboratórios de biotecnologia, gestores de reservas biológicas, áreas de produção madeireira e órgãos responsáveis para avaliação de impactos ambientais e monitoramento de áreas de influência de grandes obras.
  Período: 2009 - atual / Situação: EM_ANDAMENTO / Natureza: DESENVOLVIMENTO
• Center for Applied Tropical Ecology and Conservation: Biodiversity conservation under the scenario of climate change
  Overview: The Center for Applied Tropical Ecology (CATEC) serves as a catalyst for systemic change in educational, research development and structural institutional transformation in a Hispanic minority serving institution. CATEC's mission is to promote a) training of human resources at the graduate, undergraduate and post-doctoral levels, b) state-of-the-art research in conservation biology and environmental issues, c) infrastructure improvement, and d) production of relevant results for policy and conservation management. The Center has the following strengths: a) a focus on student training and faculty development that enables participants to address research questions related to complex environmental and conservation issues facing the Neotropics, b) a proven Center management plan, c) a demonstrated capacity to do competitive research at multiple biological scales, from molecular genetics to ecosystem functioning, d) a commitment to inter- and trans disciplinary collaborations among research fellows, and with stakeholders and other national and international institutions, and e) a strong strategic academic-governmental alliance with state and federal agencies. Research Activities of the Components: Our unifying theme is biodiversity conservation under the scenario of climate change. The questions addressed were chosen for their potential to be applied at the scale of the Caribbean Basin, or to the Tropics in general, and to serve as foundations for projects at the regional or international level. The program focuses on three areas: The Molecular Ecology, Evolution and Genetics (MEEG) area, the Species and Population Management (SPM) area, and the Ecosystem Processes (EP) area. All projects foster inter- and trans disciplinary synergies and interactions among research fellows within each thrust area, with other thrust areas, the University of Puerto Rico, and the local, national and international scientific communities.
  Período: 2007 - atual / Situação: EM_ANDAMENTO / Natureza: DESENVOLVIMENTO
• Ecologia molecular e comportamental de répteis da Amazônia Central
  A presente proposta objetiva investigar aspectos da ecologia comportamental de táxons selecionados de quelônios, serpentes e lagartos ocorrentes na Amazônia Central por meio de abordagens modernas de biologia molecular e protocolos padronizados de amostragem em campo. Dessa forma, objetivamos 1) Descrever o comportamento reprodutivo de Podocnemis unfilis por meio de análises moleculares do sistema de acasalamento e pelos sinais intersexuais através do repertório vocal; 2) Determinar a influência em mesoescala de fatores abióticos sobre a utilização do ambiente por serpentes em uma área de floresta terra firme; e 3) Determinar a influência de variáveis ambientais sobre o uso de habitats por lagartos em uma parcela de floresta na Amazônia Central. A presente proposta articula três instituições do Estado do Amazonas, Universidade Federal do Amazonas, Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia e Instituto Piagaçu, em um esforço colaborativo para a compreensão de aspectos da ecologia comportamental de táxons pouco estudados que compõem a fauna de répteis amazônicos.
  Período: 2014 - atual / Situação: EM_ANDAMENTO / Natureza: PESQUISA
• Biogeografia dos peixes Characiformes reofílicos nos escudos Guianense e Brasileiro
  O objetivo principal dessa proposta é gerar um banco de dados de peixes reofílicos dos rios da Guiana Francesa, e combinar esse banco de dados com um banco de dados de peixes reofílicos da Amazônia Brasileira. O financiamento para as coletas no Brasil vem da proposta EDITAL N. 023/2009 ? PRONEX/FAPEAM sob coordenação da Dra. Izeni Pires Farias e projeto Edital MCT/CNPq 14/2010 ? Universal processo 483155/2010-1 sob coordenação do Dr. Tomas Hrbek. Tais objetivos da proposta visam responder as seguintes questões: Como são as comunidades biológicas construídas? Quais são os processos ecológicos e evolutivos que geraram e que mantém estas comunidades? Quais processos são dominantes? A presente proposta pretende responder a estas perguntas, uma vez que o conhecimento da biodiversidade de peixes (principalmente a críptica) nos trechos de cachoeiras e corredeiras de alguns tributários do rio Amazonas estão ameaçados pelas construções de hidroelétricas.
  Período: 2012 - atual / Situação: EM_ANDAMENTO / Natureza: PESQUISA
• Testando hipoteses de diferenciação da fauna aquatica do rio Madeira
  Período: 2014 - atual / Situação: EM_ANDAMENTO / Natureza: PESQUISA
• Desvendando a biodiversidade da fauna de peixes dos rios de corredeiras
  O Brasil possui a maior biodiversidade do mundo com uma estimativa de deter entre 15 a 20% da biodiversidade global, e pelo menos metade está na floresta amazônica. De fato, para o Brasil se tornar líder na área da biotecnologia e bioprospeção, e utilizar de maneira sustentável a biodiversidade da bacia Amazônica, é imprescindível que conheça sua biodiversidade. Uma das metodologias recentemente propostas, mas já validada em escalas nacionais em países como Canadá, Austrália e Noruega, e recentemente adotada como metodologia padrão pelo México, é o uso de marcadores moleculares padronizados para acessar de forma rápida e eficiente a biodiversidade presente no ecossitema a qual é denominada como código de barras - DNA barcode. Desta forma, esta proposta tem como objetivo principal amostrar e caracterizar de maneira padronizada a biodiversidade aquática de corredeiras/cachoeiras da região amazônica com fins de construir um banco de dados de referência de DNA barcodes, e através da bioinformática integrar este banco de dados com banco de dados de tecidos depositados nas instituições fiéis depositárias, e incluindo tamnbém dados biológicos associados. O banco de dados vai consistir de dados moleculares de seqüências do gene COI (o marcador genético padrão para estudos da biodiversidade), e dados morfológicos, ecológicos e ambientais. Os bioprodutos resultantes se tornarão um banco de dados de referência para futura caracterização, fiscalização e bioprospecção da biodiversidade amazônica, atendendo assim os requisitos do United Nations Convention on Biological Diversity, ratificado pelo governo do Brasil em 1994-02-28.
  Período: 2010 - atual / Situação: EM_ANDAMENTO / Natureza: PESQUISA
• Conservação de Vertebrados Aquáticos Amazônicos
  O objetivo geral do projeto apresentado pelo Instituto de Desenvolvimento Sustentável Mamirauá, com a colaboração e parceria de reconhecidas instituições de gestão, educação e pesquisadores, é a conservação da biodiversidade amazônica, principalmente das espécies dos grandes Vertebrados Aquáticos que habitam as várzeas e igapós das reservas de desenvolvimento sustentável Mamirauá (RDSM) e Amanã (RDSA). A estratégia de conservação adotada é baseada em sólida pesquisa científica, monitoramento e uso sustentável dos recursos naturais. Parte fundamental do modus operandi do Instituto Mamirauá é o esforço para a promoção de uma intensa participação comunitária na gestão das unidades de conservação e nos diferentes programas desenvolvidos, atuando sempre no eixo da co-responsabilidade entre a instituição e as comunidades. As ações visam principalmente à geração de conhecimento populacional sobre espécies aquáticas ameaçadas ou carismáticas, a educação, a capacitação para uso sustentado de recursos aquáticos, e o fortalecimento dos instrumentos de planejamento. As intervenções propostas envolverão principalmente a pesquisa, a aplicação de técnicas de manejo sustentado dos recursos naturais e a educação ambiental. Para garantir a conservação de Mamíferos e Répteis (Jacarés e Quelônios) aquáticos e seus hábitats são propostas ações aglutinadas em três linhas principais. Os objetivos específicos do projeto envolvem o desenvolvimento de pesquisas sobre ocorrência e distribuição, dinâmica populacional de espécies de Vertebrados Aquáticos, perspectivas de manejo e aplicação de manejo adaptativo. Estes objetivos serão desenvolvidos com enfoque em 2 grupos de grandes Vertebrados Aquáticos: Mamíferos (peixes-boi, botos e ariranhas) e Répteis (Jacarés e Quelônios). O componente de Mamíferos Aquáticos já foi contemplado com patrocínio ?individual? em 2000, e grupos de pesquisa do IDSM o foram durante o edital Petrobras Ambiental 2004, com projeto submetido pela Sociedade Civil Mam
  Período: 2011 - atual / Situação: EM_ANDAMENTO / Natureza: PESQUISA
• Desvendando processos atuais e históricos dos peixes migradores e sedentários: uma análise genético-populacional trans-fronteirística e trans-bacia
  Com uma rede de bacias hidrográficas inigualáveis e a ictiofauna mais rica do planeta, as bacias dos rios Amazonas e Orinoco têm na pesca, uma das atividades econômicas mais importantes para a região, como fonte de proteína de fácil acesso para as populações locais e os moradores das grandes cidades, e como fonte de renda gerada pela venda de peixes para o consumo e pela exportação de peixes ornamentais. As duas bacias estão caracterizadas pela sua alta diversidade ictiofaunística estimada entre 1300 a 3000 espécies de peixes (Reis et al. 2003), sendo que os Characiformes e Siluriformes representam 83% desse total (Lowe-McConnell 1999). Os peixes dessas duas ordens são os mais explorados pela pesca comercial e também de subsistência nas bacias do Amazonas e Orinoco, sendo que apenas 30 espécies representam 80% dos desembarques comerciais em ambas às bacias (Novoa 2002; Taphorn B. 2003; Barthem and Fabré 2004; Barthem and Goulding 2007). Dentro dos peixes ornamentais, onde 25 espécies representam a maioria de peixes exportadas, a família Cichlidae também tem um papel significante (Chao 2001; Fernandez Acosta et al. 2008). O número significante das espécies de importância econômica é compartilhado entre as bacias (e.g. Colossoma macropomum, Piaractus brachypomus, Paracheirodon axelrodi, Carnegiella marthae, Nannostomus unifasciatus, Pterophyllum altum, Fluviphylax obscurum e Osteoglossum ferreirae). No caso do Brachyplatystoma rousseauxii (B. flavicans), Pseudoplatystoma fasciatum (P. orinocoense), P. fasciatum (P. orinocoense) e P. tigrinum (P. metaense), ainda não é claro se as bacias realmente contêm as duas espécies diferentes. Por exemplo, somente recentemente as espécies P. orinocoense e P. metaense foram descritas para diferenciar as espécies P. fasciatum e P. tigrinum da bacia Amazônica dos peixes da bacia do Orinoco (Buitrago-Suárez e Burr 2007). Entretanto, as diferenças morfológicas entre os pares B. rousseauxii / B. flavicans, P. fasciatum / P. orinocoense
  Período: 2011 - atual / Situação: EM_ANDAMENTO / Natureza: PESQUISA
• Cascading consequences of hunting and fishing for ecosystem services in Amazonian forest
  The proposed project aims to investigate the degree to which (over)harvest of large-bodied terrestrial and aquatic frugivores is an anthropogenic driver of carbon stock change in structurally undisturbed Amazonian forests, and elucidate the implications of defaunation to carbon stocks in otherwise undisturbed tropical forests. We will also quantify the effect of an existing community-based fishing management arrangement in the Juruá River and establish a similar experimental system for hunting activities. This project will integrate multiple pressures (hunting and fishing) into the single perspective of Amazon forest ecosystem services provisioning, map and quantify the cumulative effects of these pressures at different scales, assess measures for reducing ecological strain and provide information relevant for both local communities and the public administration. The project addresses what is arguably the most critical issues at the interface between food security, biodiversity conservation and natural resource management in Amazonia, and global climate issues
  Período: 2019 - atual / Situação: EM_ANDAMENTO / Natureza: PESQUISA
• Conservation genetic analysis/environmental impact assessment of the Bento Rodrigues dam bust on the ichtyofauna of rio Doce in Minas Gerais
  Período: 2018 - atual / Situação: EM_ANDAMENTO / Natureza: PESQUISA
• Genética de populações e da conservação de peixes da bacia Amazônica
  O projeto tem como objetivo principal estudar a biodiversidade da ictiofauna de peixes Amazônicos a fim de elucidar questões relacionadas aos padrões de diversificação, processos evolutivos e fornecer subsídios para tomada de decisões relacionadas à conservação desta diversidade. Para isso pretendemos gerar conhecimento básico em relação aos padrões atuais de diversidade utilizando marcadores genéticos (DNA mitocondrial, DNA nuclear, dados genômicos), dados de inventários, compilação de dados de coleções e literatura. A partir desse conhecimento básico sobre padrões de distribuição, diversidade e endemismo, pretendemos abordar questões na vanguarda do conhecimento científico atual, como padrões de diversificação, genômica da especiação e origem da diversidade Amazônica
  Período: 2018 - atual / Situação: EM_ANDAMENTO / Natureza: PESQUISA
• Dinâmica populacional e sustentabilidade do Cardinal Tetra (Paracheirodon axelrodi) no médio Rio Negro
  Esta proposta tem como objetivo geral avaliar o atual estado da dinâmica populacional do peixe ornamental cardinal tetra (Paracheirodon axelrodi) na região do médio rio Negro, e a sua sustentabilidade genética e ecológica frente às pressões de pesca historicamente ocorridas. Até pouco tempo a pesca de peixes ornamentais era uma das principais atividades econômicas desenvolvidas pelas famílias da região e representava 65% da economia local, sendo que o cardinal tetra contribuía com mais de 80% do peixe capturado. Entretanto, vários fatores influenciaram para que a atividade fosse enfraquecendo, de maneira que hoje em dia ela representa muito pouco na economia local. Os ?piabeiros? tiveram que procurar outras atividades a fim de garantir o sustento de sua família. Além da perda da caracterização cultural, outros problemas sociais como êxodo rural acabaram se tornando constantes na região. Na tentativa de soerguer essa atividade tradicional, o Sebrae-AM vem apoiando estudos sobre o desenvolvimento da cadeia produtiva sustentável da indústria de peixe ornamental do médio Rio Negro. Entretanto, há falta de informações biológicas, ecológicas e genéticas sobre os estoques naturais das principais espécies, fundamentais para desenvolver qualquer plano de manejo e conservação. Os resultados que serão gerados nesta pesquisa contribuirão para o entendimento mais amplo do status populacional do cardinal tetra, servindo de base para a construção de um plano de manejo efetivo visando a recuperação da atividade pesqueira ornamental como fonte de renda para o desenvolvimento dos moradores da região
  Período: 2015 - 2019 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Taxonomia, biogeografia e conservação de primatas Amazônicos
  O objetivo deste projeto é principalmente preencher lacunas de conhecimento das relações filogenéticas e biogeográficas das espécies da família Cebidae (Cebus, Saimiri, Aotus, Alouatta, Ateles, Callicebus, Cheracebus, Leontocebus, Pithecia, Chiropotes e Cacajao), e família Callitrichidae (Saguinus, Callicebus, Mico, Callibella e Cebuella) através de uma abordagem filogenômica. O projeto está inserido como sub-projeto da Rede de pesquisa ?Espécies de primatas filogeneticamente negligenciadas? coordenada pelo Prof. Dr. Horacio Schneider, com financiamento da CAPES.
  Período: 2013 - 2018 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Espécies de primatas filogeneticamente negligenciados
  No presente estudo pretendemos usar marcadores moleculares para examinar a variação nas populações de modo a testar hipóteses especificas sobre as relações filogenéticas e filogeográficas nos gêneros Cebus, Sapajus, Saimiri e Saguinus, assim como tentar desvendar, através da análise de genes-candidatos os padrões de pigmentação nas espécies alvo
  Período: 2013 - 2018 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Genética dos estoques naturais e de cativeiro de peixes de importância econômica para o Amazonas
  As pesquisas que visam fornecer elementos para o manejo e gestão de recursos pesqueiros na Amazônia devem considerar sua distribuição, a abundância, a dinâmica populacional, os níveis de variabilidade genética das populações explotadas, a pesca, as formas de organizações dos pescadores e suas relações com o mercado, e as tecnologias apropriadas para um melhor aproveitamento do recurso. Nosso projeto conta com os resultados sobre a genética dos estoques naturais do pirarucu (Arapaima gigas), tambaqui (Colossoma macropomum), matrinxã (Brycon spp.), e surubim (Pseudoplatystoma spp.) nas principais áreas de desembarque pesqueiro do estado do Amazonas; tais resultados nos possibilita ter uma melhor estratégia para a continuação das pesquisas e estender tal abordagem para os planteis mantidos em cativeiro. Nosso objetivo neste projeto é caracterizar a variabilidade genética dos planteis em cativeiro e comparar com os níveis de variabilidade genética das populações naturais com os planteis mantidos em cativeiro.
  Período: 2011 - 2017 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Biogeografia em escala fina do boto rosa: os limites genéticos e geográficos entre Inia geoffrensis geoffrensis e Inia geoffrensis humboldtiana
  Incertezas taxonômicas ocorrem dentro do gênero Inia, os quais são conhecidos como boto-vermelho ou boto. O gênero Inia tem uma ampla distribuição na região Neotropical, e é encontrado nos rios da bacia Amazônica, Orinoco e Tocantins. Tem como principais limites para sua distribuição grandes corredeiras, cachoeiras e rios muito pequenos. Duas espécies foram descritas, Inia geoffrensis e Inia boliviensis. Entretanto, a partir de análises morfológicas elas foram sinonimizadas. Considerando vários aspectos da biologia e morfologia Inia geoffrensis foi delimitada em três subespécies: Inia geoffrensis geoffrensis, Inia geoffrensis boliviensis e Inia geoffrensis humboldtiana as quais não foram reconhecidas pela IUCN que considera a existência de apenas uma espécie de Inia. Ainda não é claro se Inia g. humboldtiana e Inia g. geoffrensis representam duas espécies, e caso sim, onde existe o limite geográfico entre elas, e qual foi o processo evolutivo envolvido ou que melhor responderia ao padrão encontrado. Isso só pode ser respondido com a melhor amostragem dentro da bacia do rio Negro, e análises voltadas a esta questão. Desta forma o presente projeto pretende responder as seguintes questões: 1. Os taxons Inia g. geoffrensis e Inia g. humboldtiana representam duas espécies, ou somente são indicativas de estruturação intraespecífica? 2. Quais são os limites geográficos na distribuição dos táxons Inia g. geoffrensis e Inia g. humboldtiana? 3. Qual o modelo de diversificação que melhor explica os padrões genéticos observados nos táxons Inia g. geoffrensis e Inia g. humboldtiana?
  Período: 2013 - 2015 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Base de dados integrados da biodiversidade da ictiofauna dos rios de corredeiras/cachoeiras da Amazônia
  Esta proposta tem como objetivo principal amostrar e caracterizar de maneira padronizada a biodiversidade aquática de corredeiras/cachoeiras da região amazônica com fins de construir um banco de dados de referência de barcoding molecular, e através da bioinformática integrar este banco de dados com banco de dados de tecidos depositados nas instituições fiéis depositárias, incluindo dados biológicos associados. O banco de dados vai consistir de dados moleculares de seqüências do gene COI (o marcador genético padrão para estudos da biodiversidade), e dados morfológicos, ecológicos e ambientais. O segundo objetivo primário será promover um treinamento em biotecnologia e bioinformática, uma vez que tais áreas tornaram-se uma poderosa ferramenta científica. O poder da biotecnologia e bioinformática se estende ao conhecimento da biodiversidade e seu uso sustentável. Considerando isto, a proposta visa treinar futuros profissionais que usarão as ferramentas biotecnológicas e de bioinformática para lidar com a imensa biodiversidade da Amazônia. Esta proposta tem como contribuições principais: 1. A formação de um banco de dados genético padronizado (código de barras), georeferenciados, interligado às coleções de tecidos e coleção taxonômicas e enriquecidos com outros dados biológicos e ecológicos; 2. A formação de um banco de dados de tecidos depositados nas coleções cadastrados como fieis depositários para futuro aproveitamento nas diversas áreas de estudo; 3. Obter uma estimativa do estado atual da biodiversidade da ictiofauna da Amazônia brasileira baseada na nova metodologia biotecnológica do barcoding; 4. Proporcionar as informações obtidas aos órgãos tomadores de decisões relacionados com o manejo e conservação da biodiversidade, aos órgãos fiscalizadores que combatem a biopirataria, entre outros; 5. Formação de recursos humanos especializados nas diferentes áreas da proposta através da possibilidade do envolvimento dos estudantes (graduação e pós-graduação)
  Período: 2011 - 2015 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Inventários Biológicos na Amazônia Ocidental ? Sub-Rede Manaus
  O Projeto Associado ?Inventários Biológicos na Amazônia Ocidental? será composto por pesquisadores e colaboradores das maiores instituições de ensino e pesquisa de Manaus envolvidas em estudos sobre a biodiversidade, formando um Projeto Associado à Rede PPBio Amazônia Ocidental e com objetivos complementares aos seus Projetos Associados. O termo ?biodiversidade? será usado nesta proposta seguindo as Diretrizes para a Política Nacional de Biodiversidade (DECRETO Nº 4.339 22/08/2002) (DPNB), que definem a posição oficial do governo Brasileiro no que se refere às áreas abrangidas por esse termo. O objetivo desta proposta é consolidar e integrar coletas de grupos biológicos realizadas nas grades da FEX-UFAM, ReBio Uatumã e nos módulos ao longo da BR-319 com a Rede PPBio Amazônia Ocidental e com seus Projetos Associados. O Inventário de grupos biológicos e organização de banco de dados de DNA Barcodes presente nesta proposta preencherá lacunas de conhecimento sobre biodiversidade na região, podendo gerar bases científicas para políticas públicas e de conservação.
  Período: 2010 - 2015 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Rede de pesquisa para ampliação do conhecimento sobre a biodiversidade de vertebrados da Amazônia brasileira com aplicações sobre seu uso e conservação ? Rede BioPHAM
  Esta proposta tem como objetivo primário criar uma rede de pesquisadores e instituições trabalhando com as principais questões relacionadas a amostrar e caracterizar de maneira padronizada a biodiversidade de grupos alvos de vertebrados do bioma Amazônia. A finalidade da Rede é de construir um banco de dados de referência de taxonomia, barcoding moleculares, taxonomia, citogenética/citogenômica e através da bioinformática integrar este banco de dados com banco de dados de tecidos depositados nas instituições fiéis depositárias, e dados biológicos associados. O segundo objetivo primário será a formação de recursos humanos qualificados através de treinamentos na área de taxonomia dos grupos estudados, biotecnologia e bioinformática, uma vez que a biotecnologia e a bioinformática tornaram-se ferramentas científicas poderosas. Nossas principais contribuições científicas e tecnológicas serão: 1. A formação de um banco de dados genético padronizado (código de barras), georeferenciados, interligado as coleções de tecidos e coleção taxonômicas e enriquecidos com outros dados biológicos e ecológicos; 2. A formação de um banco de dados de tecidos depositados nas coleções cadastrados como fiéis depositários para futuro aproveitamento nas diversas áreas de estudo; 3. Obter uma estimativa do estado atual da biodiversidade da Amazônia brasileira baseada na nova metodologia biotecnológica do barcoding juntamente com dados associados a taxonomia, citogenética/citogenômica e dados biológicos; 4. Estabelecer o padrão cariotípico das espécies amostrada; 5. Verificar se existem diferenças quanto a organização do genoma nos cromossomos das diferentes espécie; 6. Estimar diversidade alfa e beta (estimado por grupo taxonômico, usando-se taxonomia alfa tradicional, citotaxonomia e taxonomia molecular); 7. Analisar estrutura de comunidade (estimado por grupo taxonômico e por área, usando-se taxonomia alfa tradicional, citotaxonomia e taxonomia molecular); 8. Estimar relacionamentos filogené.
  Período: 2011 - 2015 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Compreendendo sistemas complexos: o manejo pesqueiro como indutor de desenvolvimento sustentável, proteção ambiental e bem estar social
  O cerne da proposta é o desenvolvimento de estratégias sustentáveis de utilização dos recursos naturais, com ênfase nos recursos pesqueiros, na região do Médio Rio Negro, com a finalidade de contribuir para a preservação dos estoques naturais e para a melhoria da qualidade de vida dos habitantes desta região.
  Período: 2011 - 2014 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Taxonomic status and conservation assessment of the Madeira River pink dolphins
  The pink river dolphin (Inia geoffrensis) is widely distributed in the Amazon and Orinoco River basins. It also occurs in the Bolivian sub-basin which is separated from the Amazon River basin by a series of rapids between Abuña/Guajara Mirim/Riberalta and Porto Velho on the upper Madeira River. The pink dolphin occurs within the rapids region as well. We are conducting a survey of the dolphins in the rapids region, non-invasively collecting epithelial tissue samples, and in the laboratory conducting molecular conservation genetic analyses in order to understand the evolutionary history and the taxonomic status of the pink river dolphins of the upper Madeira River. Based on our results we plan to propose conservation and management strategies for these threatened animals.
  Período: 2007 - 2013 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• MRI-R2: Acquisition of genomic and bioinformatic technology to promote research at the University of Puerto Rico
  Overview: The Sequencing and Genotyping facility (SGF) at the University of Puerto Rico, Rio Piedras Campus (UPR-RP) proposes to acquire a Roche 454 GS Titanium next generation sequencer and computational infrastructure for analysis of genomic data. The SGF serves as a catalyst for the transformation of UPR-RP into a full fledged Hispanic minority serving research 1 university through genome enabled research. The mission of SGF is to provide a) state-of-the-art research support for the University of Puerto Rico scientific community, and research and academic institutions in Puerto Rico and the Caribbean, c) data analysis workshops, d) training of human resources at the graduate, undergraduate and post-doctoral levels. SGF has the following strengths: a) demonstrated capacity to generate efficiently and rapidly genomic data, b) a proven Center management plan, c) a commitment to fomenting inter- and trans disciplinary collaborations among researchers within and outside the University of Puerto Rico system, d) a focus on student training and faculty capacitation that enables participants to address research questions through the use of genomic and bioinformatics approaches. The goal of SGF is to become the leading provider of genomic services to the UPR-RP community, and to researchers throughout Puerto Rico and the Caribbean region. As a proof of the importance of SGF to the research community, we have recently received a support though an NIH-COBRE grant in the form of a salaried five year genomics specialist position and a service contract for our ABI 3730xl. The University has further committed itself to the renovation of the SGF facility, and to the construction of a bioinformatics laboratory that will process and store genomic data generated by the SGF. Research Activities of the Components: Our unifying theme is biodiversity research in the Neotropics. The acquisition of the Roche 454 GS Titanium will significantly enhance research productivity and the t
  Período: 2010 - 2013 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: DESENVOLVIMENTO
• Testando o efeito de barreiras na história evolutiva do boto (Inia geoffrensis de Blainville, 1817): delimitação de espécies e implicações para conservação
  A classificação mais utilizada para o gênero Inia separou-o, por análises morfológicas, em três subespécies: Inia geoffrensis geoffrensis, Inia geoffrensis boliviensis e Inia geoffrensis humboldtiana. No entanto, alguns autores, baseados em análises morfológicas e moleculares, o dividem em duas espécies: Inia boliviensis e Inia geoffrensis, sendo que esta última ainda é dividida em duas subespécies: Inia geoffrensis geoffrensis e Inia geoffrensis humboldtiana. O boto tem como principais limites para sua distribuição as grandes corredeiras, cachoeiras e rios. I. g. boliviensis é encontrada no Alto rio Madeira e drenagem boliviana; I. g. humboldtiana é encontrada na bacia do rio Orinoco; e Inia geoffrensis geoffrensis é encontrada nos rios amazônicos, ocorrendo desde o delta da Amazônia, até os principais afluentes dos Rios Solimões, Tocantins, Branco e Negro. I. g. geoffrensis também ocorre no rio Tapajós, abaixo das corredeiras de São Luís, e abaixo da cachoeira do Teotônio no rio Madeira. Trabalhos realizados sobre os aspéctos da filogeografia das subespécies de Inia identificando unidades evolutivas significantes entre a bacia da Bolívia e a bacia Amazônica sugerem que as corredeiras do alto rio Madeira podem funcionar como barreiras e agentes da diferenciação genética entre as duas subespécies I.g. geoffrensis, e I.g. boliviensis. Apesar das inferências e interpretações citadas serem baseadas em um único marcador molecular (DNA mitocondrial) elas nos levam a questões e hipóteses interessantes que devem ser testadas pela presente proposta utilizando, entretanto, uma análise mais refinada multiloci, e incluindo um maior número de indivíduos analisados (mais de 200 indivíduos já coletados, e com previsão de coletas específicas nos rios Araguaia e Madeira) e provenientes de vários locais da bacia Amazônica.
  Período: 2010 - 2013 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Ferramentas biotecnológicas aplicadas à conservação e manejo sustentável dos peixes ornamentais da Amazônia
  Os peixes ornamentais estão entre os principais recursos aquáticos considerados renováveis na Amazônia, com um grande potencial para servirem como modelo de manejo sustentável, especialmente nos tributários do Rio Negro, Tapajós e Xingu. A exploração destes recursos é o principal meio de subsistência das comunidades ribeirinhas e uma atividade de grande importância sócio-cultural na região. Esta atividade exporta uma grande quantidade de biodiversidade de peixes ornamentais. Qual é esta biodiversidade que está sendo exportada? Como esta atividade comercial de exploração está afetando esta biodiversidade? Ou ainda, esta biodiversidade está sendo perdida sem mesmo ser conhecida? Estas são as pergunta que nosso grupo usou como base para o desenvolvimento da presente proposta. O banco de dados do projeto vai consistir de dados moleculares do gene COI (usado como marcador da análise de barcoding que será realizada para todas as espécies para facilitar estudos comparativos entre as espécies), e dados morfológicos. Esta proposta tem como contribuições principais: a) a formação de um banco de dados genético padronizado (código de barras) e interligado as coleções de tecidos e coleção de peixes; b) evidenciar através dos resultados dos estudos quais e quantas especies são realmente exportadas, e qual é a correspondência entre as espécies exportadas e a lista oficial de peixes ornamentai permitidas; c) sugerir Ações e Recomendações aos órgãos tomadores de decisões relacionados com a elaboração da lista de espécies que podem ser exportadas.
  Período: 2010 - 2013 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Rio Madeira: sua contribuição nos mecanismos de diversificação da fauna na Amazônia
  Considerando a riqueza em biodiversidade e os eventos antrópicos que os ameaçam, esta proposta tem como objetivo mais amplo contribuir para o conhecimento da biodiversidade da região do alto rio Madeira, dos processos que geraram e geram esta biodiversidade no contexto da biogeografia da bacia Amazônica. Além disso, o estudo dará subsídios ao desenvolvimento de estratégias de mitigação das conseqüências do distúrbio ambiental iminente pelos estudos atuais antes da construção das hidroelétricas. Para isso, estudaremos espécies-chaves da fauna aquática e semi-aquática que serão caracterizadas através de coletas de dados genéticos, ecológicos, morfológicos e comportamentais, e os resultados interpretados de uma maneira comparativa. Pretendemos estudar 10 grupos de peixes, duas espécies de anuros, quatro espécies de crocodilianos, três espécies de quelônios e o boto rosa.
  Período: 2009 - 2012 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Distribuição da variedade genética de organismos Amazônicos com potencial biotecnológico
  Dentre os grupos de organismos que carregam potencial para aproveitamento econômico e/ou biotecnológico, alguns anfíbios anuros das famílias Hylidae (Phyllomedusa bicolor) e Dendrobatidae (Allobates femoralis) são especialmente visados por possuírem, em sua pele, substâncias químicas bioativas com grande potencial comercial e medicinal. Tais anuros são abundantes e amplamente distribuídos na Amazônia, mas ainda não há dados precisos sobre sua distribuição ou sobre as relações filogenéticas e evolutivas entre eles. Esta carência de informações básicas também ocorre em crocodilianos, apesar da importância econômica do grupo e do histórico de caça na região Amazônica. Além de anuros e jacarés, outro organismo com excelente potencial econômico para a Amazônia são as ervas de sub-bosque da família Heliconiaceae, utilizadas para fins ornamentais. Assim, nosso projeto de pesquisa científica definirá, através do uso de técnicas moleculares o número de espécies de P. bicolor, E. femoralis, C. crocodilus e H. acuminata existentes atualmente na Amazônia. Esta informação básica auxiliará na tomada de decisão sobre a exploração sustentável e a conservação dessas espécies no longo prazo
  Período: 2007 - 2010 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Aplicações de métodos biotecnológicos para o estudo da reprodução em pirarucu (Arapaima gigas), um peixe economicamente importante para a Amazônia
  Existem dois problemas importantes sobre o conhecimento dos mecanismos reprodutivos do pirarucu que, se solucionados, seriam de grande ajuda para as pesquisas de criação de pirarucu em cativeiro e em lagos semi-abertos. São eles: a determinação da paternidade (ou maternidade) dos filhotes como uma estratégia para se conhecer o padrão de reprodução da espécie (contribuindo para melhorar as condições de criação em cativeiro, mantendo a diversidade genética das matrizes); e a questão da determinação do sexo nos indivíduos ainda juvenis e mesmo nos adultos. O habitat desses animais normalmente dificulta as observações do seu comportamento reprodutivo e de seus padrões de parentesco. Essas duas questões podem ser resolvidas com a ajuda de métodos da biologia molecular. Seria mais uma contribuição dos métodos biotecnológicos para as pesquisas aplicadas ao manejo e conservação das espécies amazônicas. Desta forma nosso projeto pretende utilizar marcadores moleculares de microssatélites, para análise de parentesco em pirarucu (Arapaima gigas), com o intuito de fornecer informações sobre o perfil genético da prole e o padrão do sistema reprodutivo de espécie; e desenvolver marcadores moleculares de sexo para Arapaima gigas através da utilização da técnica de AFLP.
  Período: 2005 - 2010 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Diversidade genética em locus de genes do Complexo Principal de Histocompatibilidade (MHC) em pirarucu (Arapaima gigas Schinz, 1822)
  A exploração do pirarucu é antiga e, em virtude da importância econômica e na crença de uma super abundância de seus estoques, esta espécie tem sido submetida a uma séria redução ao longo dos anos. Na verdade, a redução a que vem sendo submetido o pirarucu chega a tal nível que esta espécie já consta na lista oficial das espécies de peixes ameaçadas de extinção. Estudos de genes do Complexo Principal de Histocompatibilidade (MHC) classe II ou, em teleósteos, Major Histocompatibility (MH) classe II podem ser extremamente elucidativos no que diz respeito à adaptação local, processos evolutivos e diferenças funcionais que existem dentro e entre populações naturais de espécies que possuem estudos prévios relacionados com biologia da conservação, como o pirarucu. No presente projeto pretende-se coletar amostras de tecido muscular obtidas diretamente de pescadores artesanais de aproximadamente 200 indivíduos, distribuídos em 8 populações abrangendo boa parte do local de ocorrência da espécie (Bacia do Rio Amazonas). Em seguida, será extraído o DNA para que seqüências hipervariáveis de MH classe II sejam isoladas, seqüenciadas e validadas afim de serem usadas para elucidar como a seleção natural pode promover a adaptação em nível genético apesar das ações de forças evolutivas contrárias tais como migração e deriva genética.
  Período: 2008 - 2010 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Biotecnologia aplicada ao estudo das populações de peixes de importância econômica para a Amazônia
  A bacia Amazônica é habitada por várias espécies de peixes economicamente importantes, tais como o pirarucu (Arapaima gigas), o tambaqui (Colossoma macroponum), o curimatã (Prochilodus nigricans), o matrinxã (Brycon spp.), o aruanã (Osteoglossum spp.), entre outros. Todas estas espécies têm sofrido, ou estão sofrendo uma intensa exploração comercial e não comercial ao longo da calha e dos principais tributários do Rio Amazonas e uma grande extensão da bacia amazônica incluindo os países vizinhos ao Brasil como Peru, Colômbia, e Bolívia. Considerando nossos resultados prévios e nossos projetos em andamento resolvemos somar esforços no sentido de obter um maior conhecimento sobre as espécies explotadas. Para algumas espécies de interesse já possuímos alguns resultados prévios, o que nos possibilita ter uma melhor estratégia para a continuação das pesquisas e estender tal abordagem para outras espécies de interesse. Este projeto tem como objetivo mais amplo contribuir para a conservação dos recursos sustentáveis íctios da Amazônia, dando subsídios ao desenvolvimento de estratégias regionais e políticas para a conservação e manejo destes recursos. Para isso nosso objetivo geral é caracterizar geneticamente populações de peixes de importância econômica da bacia Amazônica através da utilização e desenvolvimento de marcadores moleculares.
  Período: 2006 - 2010 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Phylogenetic systematics and evolution of complex life-histories in the Cyprinodontiformes
  A multi-gene analysis is being used in an investigation of the phylogenetic relationships of fishes of the order Cyprinodontiformes. Preliminary analysis suggests a high concordance with global geological history. This hypothesis contradicts previously proposed phylogenetic hypothesis based on morphological data. Analysis of complex life-histories and morphologies suggests multiple, phylogenetically-independent evolutionary instances of diapausing eggs, annualism, copulatory organs, internal fertilization, live-bearing and maternal provisioning. The conclusions derived from the molecular hypothesis suggest many more phylogenetically-independent origins of complex life-histories and associated morphologies. While life-histories appear to repeatedly evolve in ecologically appropriate circumstances, similarities in morphologies and in the development of these morphologies begs the question of whether the underlying developmental genetic basis of complex life-histories and morphologies evolved convergently or due to parallelism.
  Período: 2005 - 2010 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• An evaluation of Pleistocene climate change on the demographic history of Amazonian fishes
  Starting with early naturalists such as Humboldt, Bates and Wallace, biodiversity of the Amazon basin has fascinated scientists and the lay public alike. Two major hypotheses have been proposed for how this biodiversity is generated. The hydrogeographical hypothesis supposes that since the establishment of present day South American River basins, the aquatic fauna has essentially been stable. The refugium/museum hypothesis supposes that marine incursions in the Pleistocene resulted in extinctions followed by colonization(s) of the eastern and central Amazon basin. Pleistocene climate changes therefore had a major role in shaping current patterns of biodiversity in the Neotropics. The fauna of these areas represent an aglomeration of faunas existing in refugial areas. Even more importantly, the underlying implication of this process is that as an ecosystem, the central and eastern Amazon rainforest is ecologically young, is highly dynamic, and subject to radical environmental changes throughout its recent history. Differentiating among these two alternatives is the critical first step of deciphering the major processes that have led to the diversification of the Amazonian aquatic vertebrates. If we as a society we hope to be good stewards of our planet, we not only need to preserve the standing biodiversity, we also need to understand the fundamental processes underlying the generation and maintenance of this biodiversity. Such understanding is critical to fully link biodiversity patterns with evolutionary processes and to more effectively manage and meliorate the biodiversity crisis. The proposed study will also provide quantitative data for modeling the effects of future climate change, and will lay a framework for responsible stewardship of our biodiversity resources. Intellectual merit: The Neotropics comprise only approximately 3% of all freshwater habitats, yet they are estimated to contain nearly 50% of all aquatic biodiversity. Given the current biodiversit
  Período: 2009 - 2010 / Situação: EM_ANDAMENTO / Natureza: PESQUISA
• Quantitative genetic basis of vertebrate senescence and developmental diapause
  We propose to combine phylogenetics, life history data, QTL analyses and selection experiments to study senescence, developmental diapause and associated life history traits in the fish super-family Aplocheiloidei. This super-family contains species that lay continuously developing eggs, as well as species that lay eggs undergoing up to three developmental diapauses, and many species with more intermediate developmental conditions. Our analyses suggest that developmental diapause has five or more independent origins within this super-family; three independent origins in South America and at least two independent origins in Africa. Anatomical studies of eggs demonstrate that there are specific physiological and developmental adaptations associated with developmental diapause. Ecological studies indicate that senescence and life-span, and developmental diapause have clear ecological correlates, and respond to selection. The specific goals of the current proposal thus are to: 1) characterize developmental diapause in representative subset of species in the super-family, 2) do a laboratory selection experiment on developmental diapause length, 3) do a laboratory selection experiment on life-span, 4) investigate the correlates of developmental diapause length and life-span, 5) generate of a F2 intercross based on two parental strains with differing lengths of developmental diapause, 6) generate of a F2 intercross based on two parental strains with differing life-span lengths, 7) perform a Quantitative Trait Locus (QTL) analysis of the developmental genetic basis of diapause and life-span, 8) generate an F10 advanced intercross (AI) lines for fine-mapping of QTL regions identified in F2 intercross analysis, and 9) generate recombinant inbreed (RI) lines and their derivatives for narrowing down QTL confidence intervals, for gene discovery, sequencing and quantitative PCR analysis of candidate genes identified within QTL regions once QTL regions have been reduced to 1 cM.
  Período: 2006 - 2009 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Genética populacional de Gavião-Real (Harpia harpyja) no Brasil: Variabilidade genética de indivíduos representantes de três biomas Brasileiros (Amazônia, Mata Atlântica e Pantanal)
  O gavião-real ocorre nas florestas da região Neotropical e sua distribuição é ampla no Brasil, onde existem registros principalmente na Amazônia e Mata Atlântica. Entre esses biomas existe um corredor de vegetação aberta com conexões florestais, onde também existem alguns registros da espécie. As florestas brasileiras têm sido drasticamente reduzidas pela ação antrópica, o que tem promovido a perda de habitat para o gavião-real. Agravando ainda mais a situação, muitos indivíduos têm sido removidos da natureza. Essos processos antrópico faz do gavião-real uma espécie vulnerável que ainda não teve seu status modificado na lista das espécies ameaçadas do Brasil e da IUCN, onde consta como quase ameaçada. O objetivo principal deste estudo foi determinar e avaliar a distribuição da variabilidade genética do gavião-real no Brasil. Para isso foi realizada uma análise conjunta dos dados genéticos da região controle do DNAmt e microssatélites nuclear em uma amostragem extensiva do gavião-real, com sexo determinado geneticamente.
  Período: 2006 - 2009 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Genética, conservação e manejo do fauna aquática do várzea Amazônica
  O presente projecto tem por objetivo caracterizar e delimitar populações de espécies aquáticas chaves através de análises genéticas para subsidiar o desenvolvimento de estratégias regionais e políticas para a conservação e manejo da fauna aquática da várzea Amazônica. É evidente que um dos grandes problemas para o manejo e conservação dos recursos da fauna da várzea na Amazônia é a falta de informações sobre a exploração e sua biologia em ambiente natural, assim como sua integração com as condições de vida do ribeirinho. A aquisição de conhecimento sobre a genética populacional para cada espécie de interesse é de grande importância para o manejo das espécies estudadas e, conseqüentemente para sua utilização e conservação com maior eficiência por parte das comunidades ribeirinhas, que são os principais atores a contribuir para a conservação e desenvolvimento sustentável na Amazônia. Nossa proposta envolverá um estudo de avaliação genético-populacional da fauna da várzea que inclui as espécies de peixes economicamente importantes, quelônios e crocodilianos, bem como uma abordagem genético-conservacionista das espécies de mamíferos aquáticos. Por pertencerem a um grupo de grande valor econômico, tais espécies de peixes e répteis da várzea estão tradicionalmente sujeitos às mais variadas formas de exploração, legal e/ou ilegal. Os peixes-bois, com comércio clandestino, e os botos, sendo utilizados como iscas para algumas espécies de peixes, fazem desses mamíferos aquáticos símbolos para conservação de nossa fauna aquática da várzea Amazônica e deverão ser mais bem conhecidos sob os aspectos biológicos, bem como serem melhor compreendidos e conservados pelos ribeirinhos. Nossos resultados serão combinados aos resultados da sub-rede, para um melhor entendimento dos aspectos biológico-populacionais das espécies e contribuirão para a elaboração de estratégias de conservação e manejo regionais da fauna da várzea.
  Período: 2006 - 2008 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Desenvolvimento de marcadores moleculares de microssatélites para determinação de paternidade e analise de genética de populações em quelônios da Amazônia.
  Poucos são os estudos genéticos em nível populacional realizados para espécies de quelônios do gênero Podocnemis. Baseados nesta escassez de estudos e na necessidade iminente de geração de conhecimento sobre as espécies nativas da fauna brasileira, um dos objetivos deste projeto é desenvolver iniciadores específicos para regiões microssatélites em três espécies do gênero Podocnemis (P. unifilis, P. sextuberculata, e P. erythrocephala). Tais marcadores serão utilizados em análises populacionais das espécies. Após o desenvolvimento dos iniciadores específicos para regiões microssatélites, iremos verificar a ocorrência de paternidade múltipla em ninhos das três espécies de quelônios em estudo, através de marcadores moleculares de microssatélites, contribuindo para estudos posteriores relacionados ao manejo e reprodução tanto na natureza como em cativeiro e outras informações que permitirão um planejamento adequado em programas de melhoramento genético em criadouros. A conservação das espécies de quelônios amazônicos é importante não somente para a preservação da biodiversidade, mas também para que se garanta a manutenção de um alimento importante a nível local.
  Período: 2006 - 2008 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Avaliação multidisciplinar para a implementação de um sistema de manejo de lagos visando à conservação do pirarucu (Arapaima gigas) em ambientes naturais do Estado do Amazonas
  reconhecida importância comercial do pirarucu (Arapaima gigas) causou uma situação preocupante com relação aos estoques naturais, uma vez que já foi detectada uma diminuição no volume de desembarque e no tamanho médio das mantas desembarcadas, levando muitos administradores de pesca e pesquisadores a afirmar que o recurso se encontra em situação de sobrepesca. No estado do Amazonas a pesca do pirarucu encontra-se proibida devido ao decréscimo da produção. Porém, o comércio ilegal continua acontecendo. É evidente que um dos grandes problemas para o manejo do pirarucu na Amazônia é a falta de informações sobre a pesca e sua biologia em ambiente natural, assim como as condições de vida do pescador. Estudos e experiências comunitárias recentes estão gerando informações importantes sobre a realidade da pesca do pirarucu, e seu potencial produtivo em áreas de desenvolvimento sustentável (RDS Mamirauá no Estado do Amazonas) e de uso comum da União (Ilha de São Miguel, ilha de Ituqui e a região do Tapará, Estado do Pará). Embora existam diferenças na situação legal dessas áreas, as formas de manejo são semelhantes e se apóiam na avaliação e monitoramento dos estoques e na participação efetiva das comunidades no controle do acesso aos lagos, esforço de pesca, fiscalização e, em alguns casos, na comercialização. Os componentes bio-ecológicos, sociais e econômicos na Amazônia constituem um tripé que determina as formas de uso dos recursos naturais, cujo conhecimento e avaliação permite explicar como o homem amazônico, principalmente "o ribeirinho", usufrui os recursos aquáticos. Assim, este projeto visa fornecer elementos para o manejo e gestão deste recurso pesqueiro da Amazônia considerando sua distribuição, a abundância, a dinâmica populacional, os níveis de variabilidade genética das populações explotadas, a pesca, as formas de organizações dos pescadores e suas relações com o mercado, e as tecnologias apropriadas para um melhor aproveitamento do recurso.
  Período: 2004 - 2007 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Genética das populações do macaco Sauim-de-coleira (Saguinus bicolor) : implicações para conservação
  Saguinus bicolor é o primata amazônico mais ameaçado e menos estudado, apesar de ocorrer em áreas verdes dentro da cidade de Manaus. Apenas um trabalho sobre ecologia e comportamento de um único grupo foi feito durante um ano. Os demais artigos existentes sobre a espécie se referem principalmente à distribuição geográfica, sugerindo que S. bicolor está altamente ameaçado de extinção, por ter sua distribuição restrita à região de Manaus e que vem sendo reduzida nos últimos anos, se concentrando cada vez mais no pólo de desenvolvimento da cidade de Manaus. Apesar da grande ameaça causada pelo crescimento urbano da cidade de Manaus é importante o estudo de várias áreas da biologia deste animal, os quais os resultados virão subsidiar planos de conservação para esta espécie que se encontra cada vez mais isolada em fragmentos florestais. Portanto, estudos genéticos dos grupos utilizando marcadores moleculares de microssatélites são imprescindíveis para o desenvolvimento de um plano de manejo para a conservação desta espécie.
  Período: 2002 - 2007 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Filogeografia e genética das populaces de peixe ornamental acará-discus (Symphysodon spp.)
  Ornamental fishes of the Rio Negro region account for 90% of the ornamental fishes exported from the State of Amazonas, Brazil. It is estimated that at least 35 million individuals, over 85% of which are the cardinal tetra (Paracheirodon axelrodi), are exported annually from Manaus. Significant portion of the remaining 15% are the highly-valuable discus fish (Symphysodon discus and S. aequifasciatus). The export value of these fish is estimated to be over $4.5 million, and at least 10,000 Amazonians take part in the business. The ornamental fish industry depends on extractive activities which are promoted as a viable and sustainable alternative to deforestation of the region. However, history of extractive activities in the Amazon basin has repeatedly shown that in majority cases extractive activities are not sustainable. By analyzing the distribution of genetic diversity within and between collecting localities, and comparing these results among species, I will address to what extent, if any, have populations of these heavily exploited aquarium fishes been impacted by commercial harvesting. These results will be used to access whether current levels of harvesting are sustainable. If harvested species show negative impact of overexploitation, I will work with management agencies to devise a sustainable harvest policy.
  Período: 2004 - 2007 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Avaliação da variabilidade genética de duas espécies de peixes ornamentais da Reserva de Desenvolvimento Sustentável Mamirauá: implicações para o manejo sustentado e conservação
  Entre os peixes de valor econômico de Mamirauá o aruanã (Osteoglossum bicirrhosum, família Osteoglossidae) e o acará-disco (Symphysodon aequeifasciatus, família Ciclidae) merecem destaque uma vez que estão na lista dos peixes mais valorizados pelo comércio. Os peixes ornamentais estão entre os principais recursos aquáticos considerados renováveis na Amazônia, com um grande potencial para servirem como modelo de manejo sustentável. A exploração destes recursos foi um dos principais meios de subsistência das comunidades ribeirinhas da RDS Mamirauá há alguns, o que levou a escassez de algumas espécies, principalmente do acará-disco o qual foi caracterizado como sobrepescado nesta região. Devido a este fato a pesca de peixes ornamentais foi proibida na RDSM. Apesar da importância deste recurso para os ribeirinhos, o conhecimento necessário ainda é incipiente no que tange a diversidade, ecologia, genética das populações, o estado atual dos estoques naturais, as características dos ambientes em que o ciclo de vida das mesmas se desenvolve e o perfil sócio-econômico da sua exploração. Na etapa inicial do projeto, o grupo se propõe a realizar um diagnóstico da situação atual através da coleta de informações sobre a biologia e a avaliação da variabilidade genética das populações de acará-disco e aruanã nas 11 micro-bacias da RDSM. Com os resultados deste projeto poderemos avaliar se este recurso já encontra-se recuperado do processo de sobrepesca pelo qual passou. Com isto pretende-se definir áreas prioritárias para preservação e áreas para exploração, e finalmente, contribuir para a criação de um modelo de manejo sustentável que considere todos os aspectos genéticos e biológicos destas espécies. O projeto tem como meta procurar meios de preservar a diversidade e promover a sustentabilidade dos recursos aquáticos explorados pelos ribeirinhos, fornecendo subsídios para um manejo efetivo destes recursos.
  Período: 2004 - 2006 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Genetic basis of dietary obesity
  Genetic variation in response to high fat diets is important in understanding the recent secular trends that have led to increases in obesity and Type II diabetes mellitus. The examination of quantitative trait loci (QTL) both for obesity and diabetes-related traits and their responses to a high fat diet can be effectively addressed in mouse models systems, including the LGXSM recombinant inbred (RI) mouse strains. A wide range of obesity and diabetes-related traits were measured in animals from 16 RI strains with 8 animals of each sex fed a high or low fat diet from each strain. Marker associations were measured at 506 microsatellite markers spread throughout the mouse genome using a nested ANOVA. Locations with significant effects on the traits themselves and/or trait dietary responses were identified after correction for multiple comparisons by limiting the false detection rate. Non-syntenic associations of marker genotypes were common at QTL locations so that the significant results were limited to loci still significant in multiple QTL models. We discovered 91 QTLs at 39 locations. Many of these locations (n = 31) also showed genetic effects on dietary response, typically because the loci produced significantly larger effects on the high fat diet. Fat depot weights, leptin levels, and body weight at necropsy tended to map to the same locations and were responsible for a majority of the dietary response QTLs. Basal glucose levels and response to glucose challenge mapped together in locations distinct from those affecting obesity. These QTL locations form a panel for further research and fine-mapping of loci affecting obesity and diabetes-related traits and their responses to high fat feeding.
  Período: 2002 - 2006 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Genética e ecologia molecular das populações de crocodilianos da Amazônia
  O presente projeto tem como objetivo principal acessar o material genético de populações das quatro espécies de crocodilianos (ou cinco, caso se considere o status específico de Caiman yacare) da Amazônia. Para isso, nossos objetivos específicos são: a) Sobre uma abordagem Amazônica: 1. Descobrir como a variabilidade genética das populações naturais de crocodilianos está atualmente distribuída na geografia amazônica; 2. Constatar a presença ou ausência de eventos evolutivos históricos nos padrões genéticos e demográficos intra-específicos associando com a paleogeografia da Amazônia; 3. Inferir se as populações encontram-se em equilíbrio genético uma vez que sofreram uma grande exploração no passado; b) Sobre uma abordagem específica para o rio Madeira: 4. Avaliar o status das espécies Caiman crocodilus, Caiman yacare, Paleosuchus trigonatus e Paleosuchus palpebrosus através das análises morfológica, ecológica e genética; c) Sobre uma abordagem combinada de a e b: 5. Diagnosticar possíveis unidades de manejo com base nas análises genéticas entre as populações.
  Período: 2004 - 2005 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Estimativa da variabilidade genética inter e intra-populacionais do jacaré-açu (Melanosuchus niger) e do jacaré-tinga (Caiman crocodilus) com implicações para a conservação e o manejo destas espécies na Amazônia Brasileira
  As cinco espécies de crocodilianos que ocorrem no Brasil pertencem a Família Alligatoridae, quatro destas ocorrem na Amazônia. O jacaré-tinga (Caiman crocodilus crocodilus) e o jacaré-açú (Melanosuchus niger) são os jacarés mais abundantes nas florestas alagáveis da Amazônia Brasileira. São animais de grande valor econômico e estão tradicionalmente sujeitos as mais variadas formas de manejo. Esta pesquisa tem como objetivo principal estimar a variabilidade genética e comparar a estrutura genética inter e intrapopulacional destas duas espécies de crocodilos nos principais tributários da Amazônia. Esperamos que os resultados provenientes deste projeto possam ser considerados durante a implementação de planos de manejo das espécies em questão, e desta forma contribuir para a conservação de suas diversidades gênicas.
  Período: 2003 - 2005 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Role of vicariant events in generation biological diversity
  I will test the temporal concordance assumption of geographical speciational models using the genus Aphanius as a model system. Specifically, I will test speciational hypotheses derived from Messinian and Plio-Pleistocene Mediterranean Sea level fluctuations, and closing of the Tethys Sea. I will also test concordance of haplotypic, morphologic, and geologic data in a Turkish species complex, results additionally relevant to conservation.
  Período: 1999 - 2002 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA
• Life-history evolution, phylogenetic systematics, population genetics and biogeography of Rivulidae
  In this thesis I investigate the microevolutionary and the macroevolutionary processes resulting in the spectacular diversification of aplocheiloid killifishes. In Part I, I reconstruct the phylogenetic relationships of the suborder Aplocheiloidei in order to investigate the role of Gondwanaland breakup in the speciation of this group. I investigate the role of major macroevolutionary processes, in this case vicariance events associated with the breakup of Gondwanaland, on phylogenesis. The origins of annualism and developmental diapause are addressed. The straightforward use of the macroevolutionary approach is appropriate. In Part II, I reconstruct the phylogenetic relationships of the family Rivulidae, a nested subset of the Aplocheiloidei. I also investigate the role of vicariance on phylogenesis in this group of South American fishes; however, the main focus of this study is the origin of annualism and developmental diapause in these fishes. Again, the straightforward use of the macroevolutionary approach. In Part III, I investigate the population genetic structure of two South American killifish species. I employ statistically rigorous methods that are able to differentiate those groups appropriate for microevolutionary analysis, from those that are not. Partitioning variation in such a manner leads to valid inferences regarding the microevolutionary and macroevolutionary processes responsible for the observed microevolutionary and macroevolutionary patterns. Finally in Part IV, I review the taxonomic history of the Aplocheiloidei, and look at the taxonomic implications of the molecular results.
  Período: 1993 - 1999 / Situação: CONCLUIDO / Natureza: PESQUISA

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Tipo de Produção	<	Total
Participação em Banca de Doutorado	9	9
Participação em Banca de Exame de Qualificação	14	14
Participação em Banca de Graduação	2	2
Participação em Banca de Mestrado	21	21
Total	46	46

Tipo de Produção	<	Total
Participação em Congresso	41	41
Participação em Encontro	6	6
Participação em Seminário	1	1
Participação em Simpósio	7	7
Total	55	55

Tipo de Produção	<	2020	2021	Total
Orientação em Andamento de Doutorado	2	0	0	2
Orientação em Andamento de Mestrado	1	2	0	3
Orientação em Andamento de Pós-Doutorado	2	0	0	2
Orientações Concluídas para Doutorado	14	1	1	16
Orientações Concluídas para Mestrado	39	0	0	39
Orientações Concluídas para Pós-Doutorado	3	0	1	4
Outras Orientações Concluídas	8	3	0	11
Total	69	6	2	77

Tipo de Produção	<	Total
Prêmios	4	4
Total	4	4

Tipo de Produção	<	2020	2021	Total
Apresentação de Trabalho	53	0	0	53
Artigo Aceito para Publicação	1	0	0	1
Artigo Publicado	115	9	1	125
Capitulo de Livro Publicado	4	0	2	6
Curso de Curta Duração Ministrado	2	0	0	2
Demais Trabalhos	2	0	0	2
Editoração	1	0	0	1
Livro Publicado ou Organizado	1	0	0	1
Organização de Evento	3	0	0	3
Outras Bancas Julgadoras	5	0	0	5
Relatório de Pesquisa	2	0	0	2
Trabalho em Eventos	145	0	0	145
Total	334	9	3	346

Tipo de Produção	<	Total
Trabalho Técnico	26	26
Total	26	26